Æon Flux es una agente secreta acrobática de Monica que trabaja para infiltrarse en la ciudad de Bregna dirigida por su archienemigo y a veces amante Trevor Goodchild.
El show está ambientado en un futuro distópico post apocalíptico en el que las ciudades de Monica y Bregna están involucradas en una interminable y fútil guerra por la supremacía ideológica.
Æon es abiertamente sexual y se viste como una dominatriz. Todo el programa fue muy elegante con episodios cortos que presentaban un discurso no inteligible y una animación muy estilizada.
El programa juega ampliamente con el kink, el sexo, la sexualidad y el género. Aunque la mayoría de los muchos encuentros sexuales son heterosexuales, Æon también tiene una breve relación con una traductora. En el universo sexualmente despreocupado de Æon Flux, es difícil imaginar que la mayoría de los personajes no sean bi.