Zagreus es el hijo rebelde de Hades y príncipe del inframundo.
Es criado por Nyx y no sabe que su verdadera madre es Perséfone. Zagreus siente que no pertenece al inframundo y que nunca estará a la altura de las expectativas de su padre. Cuando se entera de la verdadera identidad de su madre, decide abandonar el inframundo y buscarla.
A través de sus aventuras conocemos a muchos personajes del panteón griego y algunos personajes mitológicos. Aquiles enseña a Zagreus a luchar, y parece existir el potencial para un romance, pero el corazón de Aquiles ya pertenece a Patroclo. Zagreus, eventualmente, reúne a los dos amantes.
Hay tres opciones de romance disponibles para Zagreus en el juego. En primer lugar está Dusa, la cabeza flotante de Gorgón, que al final decidirá que eres mejor como amigo, y todo sin resentimientos. Las dos opciones restantes para relaciones, potencialmente a largo plazo, son con La Furia Megera y la personificación de la muerte, Tanatos. Y pensar que mi vida amorosa era complicada.